Gerit Geldenhouwer senior was kamerdienaar van de Gelderse hertogen Arnold en Adolf van Egmond en van Adolfs zuster Catharina. Gerards moeder, Richilda de Beijer, kwam uit een gegoede Nijmeegse familie. Zijn jeugd bracht Gerard door in zijn geboortestad. Uit deze jaren stamt zijn vriendschap met Frans van Cranevelt. In het huis van de laatste ontvingen beide jongens gezamenlijk hun eerste onderricht.

In Deventer doorliep Geldenhouwer de befaamde Latijnse school, die werd geleid door Alexander Hegius. Vele andere Noordnederlanders die hun naam als humanistisch geleerde zouden vestigen, waren hier te zelfder tijd als leerling ingeschreven. Na zijn schooltijd ging Geldenhouwer studeren te Leuven. Omstreeks dezelfde tijd (in elk geval vóór 1505) trad hij te Asperen als Augustijner koorheer in. In de academische gemeenschap gold hij als een veelbelovende jongeman die in de toekomst, met anderen, de fakkel van Desiderius Erasmus zou overnemen. Te Leuven bracht hij zijn eerste werken uit: De situ Zelandiae (1514), waaruit zijn belangstelling sprak voor geschiedenis en geografie, en – in navolging van Petrus Montanus, van wiens satiren hij in 1506/07 te Zwolle twee uitgaven bezorgde – Satyrae octo (1515; zes van de acht satiren had hij reeds ca. 1511/12 voltooid). In zijn satiren hekelde Geldenhouwer vooral bekrompen monniken en theologen, volgens de Engelse humanist Thomas More op een nog heel wat gepeperder wijze dan Erasmus had gedaan in de Lof der zotheid. Ook werkte Geldenhouwer ca. 1514-1516 voor de drukkerij van Dirk Martens, waar veel humanistische werken het licht zagen. Verscheidene van Erasmus’ geschriften zijn door Geldenhouwer drukklaar gemaakt, alsook de eerste uitgave van de Utopia van Thomas More (1516), waaraan Geldenhouwer een gedicht toevoegde en waarvoor hij mogelijk zelfs de illustratie op de titelpagina vervaardigde. Een letterlijke bekroning van zijn schrijverschap vond plaats in 1517, toen hij in het Brabantse Tienen van keizer Maximiliaan I de lauwerkrans ontving voor zijn gedicht De Germanorum fortitudine.

Omstreeks 1515 moet Geldenhouwer in dienst zijn gekomen van het Habsburgse hof, waar hij werd toegevoegd aan Filips van Bourgondië (een bastaardzoon van hertog Filips de Goede), admiraal van Vlaanderen. Toen deze in 1517 bisschop van Utrecht werd, volgde Geldenhouwer hem naar de Domstad als secretaris. In zijn Utrechtse jaren vatte hij sympathie op voor de Hervorming; de vervolging van lutheranen stuitte hem tegen de borst, vooral waar zijn eigen vrienden het slachtoffer werden (Nicolaas van Broeckhoven, Cornelius Graphaeus). Brodeloos geworden na de dood van Filips in 1524 maakte Geldenhouwer enkele reizen door de Nederlanden en Duitsland, onder meer om in 1525 Luther te beluisteren in Wittenberg. Voorgoed gewonnen voor het protestantisme trad hij eind 1526 te Worms in het huwelijk. In de daaropvolgende jaren hield hij zich op in belangrijke centra van protestantisme als Augsburg en vooral Straatsburg, waar hij de achting verwierf van vooraanstaande reformatoren als Wolfgang Faber Capito en Martin Bucer. Een fikse ruzie met Erasmus ontstond in 1529, toen Geldenhouwer enkele fragmenten uit diens werk publiceerde als propagandamateriaal tegen de doodstraf voor ketterij. Erasmus, die veel te stellen had met katholieke tegenstanders die hem lutherse sympathieën aanwreven, liet begin 1530 zijn Epistola contra pseudevangelicos uitgaan, waarin Geldenhouwer het vel over de oren werd gehaald. In zijn correspondentie schilderde Erasmus zijn voormalige vriend voortaan af als een gevaarlijke gek. Niettemin is Geldenhouwer ook in zijn latere geschriften Erasmus blijven eren en publiceerde hij in 1538 zelfs een vleiende lijkzang voor de twee jaar tevoren gestorven Rotterdammer.

Uiteindelijk wist de landgraaf van Hessen, Filips I de Grootmoedige, Geldenhouwer aan zich te binden. Filips, aanvoerder van de protestantse vorsten uit het Duitse Rijk, had in 1527 te Marburg een lutherse universiteit gesticht, waar Geldenhouwer in 1532 werd benoemd als hoogleraar in de geschiedenis. Zijn naam als historicus had hij gevestigd met een biografie van Filips van Bourgondië uit 1529, maar vooral met zijn werk over het Bataafse verleden: Lucubratiuncula de Batavorum insula (1520) en Historia Batavica (1530). In 1532 volgde Germaniae Inferioris historiae, een ogenschijnlijk onbeduidend werkje dat echter herhaaldelijk werd opgenomen in humanistische verzamelwerken over de Duitse geschiedenis. Geldenhouwers laatste werk in dit genre is zijn posthuum verschenen verzameling Nederlandse geschiedverhalen, Germanicarum historiarum illustratio (1542). Ook moet hij tussen 1530 en 1533 een Liber de viris illustribus Inferioris Germaniae hebben geschreven; slechts de levensbeschrijvingen van Rudolf Agricola (in een bewerking uit 1536), Wessel Gansfort, Johannes Murmellius en Petrus Montanus zijn bewaard gebleven. Vermeldenswaard is nog zijn pedagogische tractaat Institutio scholae christianae (1534). Tenslotte zijn in handschrift de zogeheten Collectanea overgeleverd, een verzameling aantekeningen van uiteenlopende aard uit de jaren 1520-1532.

In 1534 werd aan Geldenhouwer, op aandrang van Capito en Bucer, een theologische leerstoel toegewezen, wat als een belangrijke bevordering moet worden gezien: de universiteit van Marburg was immers in de eerste plaats opgericht ter stimulering van het lutheranisme. Toch had Geldenhouwer geen theologische opleiding genoten. Wel had hij zich, onder meer in zijn aanvaring met Erasmus, een voorvechter van de maatschappelijke erkenning van het protestantisme betoond. Hiermee houdt wellicht verband dat hij met regelmaat politieke missies voor zijn vorst te vervullen kreeg, met name wanneer de zaak van het protestantisme op het spel stond. Toen hertog Willem van Kleef, die de lutheranen gunstig gezind was, in 1538 hertog van Gelre was geworden, hoopte Geldenhouwer niet zonder gevoelens van heimwee als Hessisch gezant naar Gelre te worden afgevaardigd. Hij droeg aan Willem twee ‘vorstenspiegels’ op (verhandelingen over hoe de vorst zich als persoon en als bestuurder had te gedragen), die de eerste geschriften zijn in hun soort voor het Gelderse grondgebied. Van een langdurig verblijf in Gelre is echter geen sprake geweest. Geldenhouwer stierf te Marburg, vermoedelijk aan de pest, op 10 januari 1542. In een lofdicht, na zijn dood door een collega-hoogleraar gevaardigd, wordt hij bovenal geprezen als een veelzijdig geschiedschrijver.

Bijzondere aandacht verdient Geldenhouwers rol in de ‘Bataafse kwestie’. Deze kwestie betrof de vraag waar de Bataven hadden geleefd. Erasmus en enkele andere Hollandse humanisten hadden aangenomen dat het land van de Bataven Holland was. Geldenhouwer verdedigde de visie dat de Bataven het Gelderse rivierengebied en de Zuidhollandse Rijndelta hadden bewoond, met Nijmegen als hoofdstad. Geldenhouwer liep hiermee vooruit op het moderne historische en archeologische onderzoek, dat zijn visie bevestigt. Ook in zijn eigen tijd heeft Geldenhouwer succes gehad: na hem hebben slechts weinigen de Bataafse geschiedenis exclusief voor Holland durven opeisen. Het is vooral door zijn toedoen dat het Bataafse verleden ten tijde van de Republiek heeft kunnen uitgroeien tot de oorsprongsmythe van heel Nederland en niet van Holland alleen.