Theodorus Janssonius van Almeloveen was de jongste zoon uit het gezin Van Almeloveen, dat behalve hem nog twee zonen en een dochter telde. Alleen Theodorus bereikte de volwassenheid. Zijn tweede naam ‘Janssonius’ kreeg hij van zijn grootvader van moederskant, de beroemde Amsterdamse drukker en uitgever Joannes Janssonius, die zelf geen mannelijke nakomelingen had. Via zijn moeder was Van Almeloveen verwant aan het uitgevershuis Janssonius van Waesberge, dat werd voortgezet door zijn neven Gilles en Joannes van Waesberge, de twee zonen van een zuster van zijn moeder, en aan de Amsterdamse uitgever Joannes Wolters, de tweede echtgenoot van zijn nicht Susanna van Waesberge.

Na zijn humaniora-opleiding in Gouda en Noordwijk, onder leiding van Jacob Tollius (1633-1696), schreef Van Almeloveen zich in 1676 in aan de universiteit van Utrecht, om in navolging van zijn vader theologie te gaan studeren. Twee jaar later koos hij echter voor geneeskunde, waarin hij in 1681 promoveerde. Vervolgens oefende hij afwisselend in Amsterdam en Utrecht een artsenpraktijk uit, tot hij in 1687 in het huwelijk trad met de Goudse burgemeestersdochter Aletta van Immerzeel. Na zijn huwelijk vestigde hij zich als arts in Gouda. Al na twee jaar overleed zijn vrouw bij de bevalling van hun dochtertje, dat evenmin lang leefde. Van Almeloveen is, ondanks aandringen van zijn vrienden en familie, nooit hertrouwd.

Sinds 1683 publiceerde Van Almeloveen zeer veel werken, voornamelijk op het gebied van de bibliografie en filologie. Door zijn opvatting dat alles wat in zijn tijd als nieuwe vinding gepresenteerd werd, reeds in de Oudheid bekend was geweest – een opvatting die hij met name op medisch gebied koesterde en ook publiceerde in zijn Inventa Novantiqua (Amsterdam 1684) – was hij een buitenbeentje in de academische wereld. Ook in andere opzichten is Van Almeloveen een enigszins ouderwets of conservatief geleerde te noemen, voornamelijk om zijn werkwijze. Met de benaming polyhistor, een geleerde die ernaar streeft zoveel mogelijk kennis te vergaren en te catalogiseren, is Van Almeloveen goed gekenschetst. Zijn publicaties op bibliografisch en oudheidkundig gebied vallen bijna allemaal in de categorie van polyhistorische werken. Het beste voorbeeld hiervan is zijn Bibliotheca promissa et latens (Gouda 1692). Dit boek bestaat uit een lange lijst van boektitels, die wel door geleerden waren beloofd, maar nog niet waren uitgegeven. Het is tegelijkertijd een bewijs van de ideële gezindheid van de auteur, die er in al zijn activiteiten naar streefde de wetenschap vooruit te helpen.

Dat zijn houding en werkwijze in zijn tijd en zijn omgeving wat uit de mode raakte, deerde hem niet. Omdat Van Almeloveen al snel een groot en internationaal correspondentienetwerk wist op te bouwen (waarvan nu nog ongeveer 3.000 brieven bewaard zijn gebleven), was hij in staat overal geestverwanten te vinden, bijvoorbeeld in de Duitse Landen, waar het geleerdentype van de polyhistor meer in aanzien stond dan in de Republiek.

In 1697 werd hij benoemd tot hoogleraar Grieks, geschiedenis en welsprekendheid aan de universiteit van Harderwijk. Deze aanstelling had hij te danken aan zijn talrijke kennissen in Gelderland en Overijssel, voornamelijk predikanten en schoolmeesters uit Arnhem, Nijmegen, Zutphen, Deventer en Kampen, die hem in contact hadden gebracht met invloedrijke personen, zoals de curatoren van de universiteit Caspar van Els, Sewart van Wijnbergen en Johan van Lidt de Jeude.

Voor al deze kennissen in de provincie, en waarschijnlijk ook voor zijn collega’s, vormde Van Almeloveen een intermediair met het boekenparadijs Amsterdam. Geregeld deed men een beroep op zijn familiebanden en bestelde via hem boeken. Voor veel van de genoemde kennissen, en dan speciaal voor de onderwijzers onder hen, bezat Van Almeloveen als hoogleraar in de letteren een bijzondere autoriteit. Enkele keren trad hij op als bemiddelaar en patroon om hen een nieuwe werkkring te bezorgen. Zo had hij de hand in de aanstelling van J.J. Slater als docent aan de Latijnse school van Kampen, waarvan een brief van de burgemeester van deze plaats nog getuigenis aflegt. Ook behartigde Van Almeloveen de belangen van zijn eigen universiteit met zorg. Hij had bemoeienis met de benoemingen van de hoogleraren in de filosofie Adrianus Reeland (1699-1701) en Cornelis van Houten (17011723) en hield een oog op de aanstellingen aan de Harderwijkse Latijnse school. Wegens zijn goede betrekkingen met verschillende curatoren kreeg de hoogleraar zelfs eenmaal het verwijt dat hij met een vaatje bier een poging tot omkoping had gedaan om een oudleerling een aanstelling in Harderwijk te bezorgen. De beschuldiging was ongegrond, maar toont Van Almeloveens invloed in academische aangelegenheden.

Ook ten behoeve van de loopbaan van bevriende predikanten zette Van Almeloveen zich graag in. Hiervoor deed hij dikwijls een beroep op zijn Gelderse kennissen. Vooral de Arnhemse predikant Joannes d’Outrein, aan wiens invloed op de curatoren hij ook min of meer zijn eigen aanstelling in Harderwijk te danken had, bleek een goede tussenpersoon te zijn bij bemiddeling tussen de kandidaten en de lokale regenten. Ondanks zijn inspanningen bij ouderlingen en magistraten in Zutphen, Nijmegen en Harderwijk zelf had echter geen van zijn bemiddelingspogingen succes. Zijn invloed als hoogleraar was in deze zaken gering.

In 1701 werd Van Almeloveen ook benoemd tot hoogleraar in de geneeskunde, samen met E.W. Westenberg. Van Almeloveen was bereid deze tweede functie er onbezoldigd bij te nemen. Overigens bekleedde hij wel al sinds 1697 de functie van stadsarts van Harderwijk, die hij tot zijn dood in 1712 bleef uitoefenen. Van Almeloveen was drie maal rector magnificus, in 1698, 1703 en 1708. Pas sinds 1701 trad hij op als promotor, uitsluitend aan de medische faculteit. Het was weliswaar ook mogelijk in de letteren te promoveren, maar dat gebeurde aan het eind van de 17de eeuw nog maar hoogst zelden. In totaal verdedigden 40 studenten onder zijn leiding een proefschrift of een aantal stellingen, onder wie een opvallend aantal van buitenlandse herkomst (25). De slechte naam die de universiteit van Harderwijk had op grond van verdacht snelle promoties, was enigszins gerechtvaardigd. Ook Van Almeloveen verleende zijn medewerking aan dergelijke ‘eendagspromoties’. Alle kandidaten dienden echter wel zelf te verschijnen om een examen af te leggen en hun proefschrift in het Latijn te verdedigen. Verzoeken om een bul tegen een geldbedrag toegestuurd te krijgen kreeg de hoogleraar wel enkele malen, maar hij ging er nooit op in.

Na het overlijden van zowel Van Almeloveen als E.W. Westenberg in 1712 werden de twee medische leerstoelen weer samengevoegd tot een enkele. Bartholomeus de Moor, die ook in 1701 al kandidaat was geweest, volgde de twee in 1713 op. De vacante leerstoel in de letteren werd pas in 1714 weer bekleed, toen J.C. Rungius werd aangesteld.