Na de benoeming van Bernards vader tot directeur aan de pas opgerichte Rijksnormaalschool voor tekenonderwijs te Amsterdam vertrok de familie Molkenboer van Leeuwarden naar de hoofdstad en ging dicht bij het Vondelpark wonen, min of meer in de schaduw van het Vondelstandbeeld dat daar staat. Door de contacten van zijn vader kwam Bernard al jong in aanraking met kunst en literatuur. Vooral de verzen en treurspelen van Vondel hadden zijn grote belangstelling. Omdat hij zich geroepen voelde tot het kloosterleven, ging hij naar het bisschoppelijk seminarie Hageveld in Heemstede. Daar deed hij enthousiast mee aan het Vondelonderwijs en de Vondeluitvoeringen die daar plaatsvonden. In 1917 schreef hij hierover: “Nooit zal ik vergeten wat een zaligheid ik dankte en nog dank aan de, zeg kinderlijke, maar tegelijk zo vroom verzorgde vertoningen van Vondel, wiens Lucifer, Noah, Peter en Pauwels, Jozef in Dothan en Samson, wij door uitleg in de les, lange repetities, ’t aandoenlijk zingen der reien en eindelijk ’t spel zelf voorgoed in ons hart voelden beitelen. Ik kan de verzen nog aanwijzen, wier plotselinge, ongekende pracht mijn ziel stormenderhand voor Vondel veroverde.” Op achttienjarige leeftijd meldde hij zich bij de orde van de dominicanen en nam hij zijn intrek in het SintDominicuscollege te Nijmegen. Een jaar later begon hij in het klooster te Huissen als frater Hilarius zijn noviciaat. Na zeven jaar vorming werd hij op 15 augustus 1906 te Utrecht tot priester gewijd. In 1909 vertrok hij naar Rome om kunstgeschiedenis te studeren. In 1911 in Nederland teruggekeerd, werd hij aangesteld tot professor in de ‘theologia dogmatica’ te Huissen en daarna tot professor in de ‘gewijde welsprekendheid’. In 1923 volgde zijn benoeming tot lector aan de Katholieke Universiteit te Nijmegen met de leeropdracht 17de-eeuwse Nederlandse letterkunde, in het bijzonder de Vondelstudies. Hij ging wonen in het klooster Albertinum te Nijmegen. Tien jaar later werd het lectoraat in een buitengewoon hoogleraarschap omgezet. Molkenboers inaugurale rede handelde over Het rhythme van de Vondelwaardeering.

Molkenboer was inmiddels uitgegroeid tot de belangrijkste Vondelkenner van Nederland. Hij publiceerde een groot aantal studies over de dichter en vanaf de jaren ’30 bereidde hij nauwgezet zijn levenswerk voor: de definitieve Vondelbiografie. Vondel was zijn persoonlijke held, die hij kende als zijn brevier. Alleen het leven van Vondel beschrijven was voor Molkenboer niet genoeg. Hij onderzocht diens levensbeschouwing, persoonlijke getuigenissen en betrekkingen tot anderen en zijn verhouding tot God en de wereld, kortom Vondel als gelovige, staatsburger en denker. Daarbij probeerde hij uit Vondels eigen woorden diens ideeën over het leven te begrijpen. Meerdere treurspelen van Vondel die in de vergetelheid dreigden te geraken, werden door Molkenboers bemoeienissen opnieuw uitgevoerd. Hij bewerkte diverse Vondelstukken, zoals Josef in Dothan, Lucifer, Adam in ballingschap en vele andere. Onder zijn studenten waren de ‘Vondelbedevaarten’, zoals ze werden genoemd, een begrip. Hij ging dan met de studenten naar Amsterdam en liet ze een treurspel van Vondel opvoeren. In 1930 richtte hij de Vondelkroniek op, die twaalf jaar lang verscheen en waarmee hij alle kenners en liefhebbers van Vondel in Nederland wilde bereiken. Dit was zijn trots en zijn glorie, zoals hij zelf zei.

Bij gelegenheid van de herdenking in 1937 van zijn 350ste geboortejaar werd Vondel in het hele land herdacht. Toneelstukken werden opgevoerd en veel van zijn werken opnieuw uitgegeven. In zijn geboortemaand november vonden er in Amsterdam, waar Vondel immers had gewerkt en in de Nieuwe Kerk begraven was, declamatiewedstrijden voor scholieren, fakkeloptochten en erepromoties plaats. Het geheel werd afgesloten met een groot Vondelcongres. Molkenboer werd bij die gelegenheid tijdens een plechtigheid aan de Universiteit van Amsterdam tot doctor honoris causa benoemd, omdat hij zich had ingespannen voor de Vondelwetenschap en veel werk had verzet voor de voorbereiding van de nationale Vondelherdenking. Op 10 december 1939, de zestigste verjaardag van Molkenboer, verscheen een album amicorum, waarin alle Nederlanders die zich voor de Vondelstudie verdienstelijk hadden gemaakt, een bijdrage leverden. Zijn leerlingen gaven een extra nummer uit van zijn eigen tijdschrift, de Vondelkroniek. Tevens verscheen er een bibliografie van zijn werken en door de beeldhouwer Peter Rovers werd een borstbeeld van hem vervaardigd. Dit beeld bevindt zich thans in het aulagebouw van de Katholieke Universiteit Nijmegen.

Van Molkenboer werd wel gezegd dat hij Vondel ademde en zweette. Hij maakte zich zelfs de bezielende, dichterlijke schrijftrant van Vondel eigen en probeerde uit Vondels eigen woorden de dichter te begrijpen. Niet alleen Vondel was zijn held, hij dweepte met de kerkvader Hieronymus, met Savonarola, de dominicaner volksprediker die in 1498 in Florence op de brandstapel was gezet, en bovenal met Dante Alighieri, de beroemde Italiaanse dichter uit de 13de eeuw. Hij zag een overeenkomst tussen Vondels gedicht Altaergeheimenissen, waarin hij tegenover de Reformatie het heilig sacrament verdedigt, en Dantes Divinia commedia. Hij had grote belangstelling voor fervente katholieken uit het verleden. Hij zag Vondel dan ook het liefst als de grote katholiek, strijder voor de rechten van de Kerk en heldhaftig belijder van de waarheid.

Bernard Molkenboer was een aimabele man, hij was sociaal voelend, hield van gezelligheid en had veel vrienden. Ofschoon Fries van geboorte voelde hij zich een echte Amsterdammer, die ondanks zijn waardigheid vol met humor zat. Hij beleefde het Rijke Roomse Leven tot in het diepst van zijn ziel. Hij maakte zich sterk voor de gemeenschappen waartoe hij behoorde, de Rooms-Katholieke Kerk en de dominicanenorde. Hij hield ontelbare preken, vastenpredikaties, retraites en redevoeringen van zowel kerkelijke als wetenschappelijke aard.

Het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog in 1940 kwam in eerste instantie voor Molkenboer niet op zo’n ongunstig tijdstip, want hij kreeg nu alle tijd om aan zijn Vondelbiografie te werken. Na de vordering van het Albertinum door de Duitse bezetter vertrok hij in 1942 met zijn enorme Vondelbibliotheek naar de zusters dominicanessen, die hun klooster hadden aan de Nijmeegse Dominicanenstraat. Vier maanden later verhuisde hij met een aantal confraters naar een woonhuis aan de Batavierenweg. De colleges aan de Nijmeegse universiteit waren inmiddels gestaakt en de Vondelkroniek, die in Molkenboers eigen woorden “in december 1941 door den leugen ‘papiernood’ de nek werd omgedraaid”, verscheen niet meer. Molkenboer had nu een zee van vrije tijd met zijn bibliotheek onder handbereik. Op 18 september 1944 moesten Molkenboer en de andere dominicanen van het ene op het andere moment hun huis verlaten ten gevolge van de gevechten tussen de Duitsers en de oprukkende geallieerden. Vanuit de Ooypolder keek hij wanhopig toe hoe het huis en daarmee zijn hele wetenschappelijke werk in de vlammen opging. Van zijn mooie Vondelbibliotheek restte slechts verkoold papier. Ook het manuscript van een hoofdstuk voor het eerste boek van zijn zesdelige Vondelbiografie ging verloren. Ontheemd vroeg hij onderdak bij de Zusters van Liefde in Tilburg, waar een oude kleuterschoolvriendin, Marie Ides, nu Moeder Leonie, algemeen overste van de congregatie was. Marie beschikte tot zijn grote vreugde over een grote bibliotheek, rijk aan Vondelgeschriften. Daar begon hij aan zijn kleine boekje van 48 bladzijden Mijn Vondelbiografie en de oorlog (Tilburg 1945), waarin hij met veel toepasselijke citaten van Vondel vertelt over het verlies van zijn boeken en hoopvol moed probeert te verzamelen om zijn levenswerk weer op te pakken, vol vertrouwen dat zijn wankele gezondheid van dat moment hem niet verder in de steek zal laten. Hij verhaalt in dit boekje dat hem de nodige Vondelliteratuur werd toegestuurd door “begrijpende en meelevende vrienden”. Deze zendingen brachten volgens hem zijn werklust weer op gang om dan eindelijk de echte en ware Vondelbibliografie in zes delen te kunnen schrijven, zonder de “essentiëele tekortkomingen” waaronder de dan toe verschenen Vondelbiografieën volgens hem gebukt gingen.

In 1945 kwam hij in Nijmegen terug, waar hij zich in de binnenstad vestigde bij de zusters van Huize Bethlehem. Echter, het verlies van zijn Vondelbibliotheek en levenswerk had hem zo aangegrepen dat hij zich steeds zwakker ging voelen. Familie en vrienden die hem kwamen opzoeken, troffen een uitgeblust en geknakt man aan. Slechts enkele dagen nadat hij een verzoek om ontslag had ingediend, werd hij tijdens zijn werk onwel. Reeds een dag later (30 juli) overleed hij in het Sint-Canisiusziekenhuis. De uitvaartplechtigheid werd door velen, onder wie kardinaal De Jong, bijgewoond. Op het kerkhof van het Nijmeegse klooster Albertinum ligt hij begraven.

Bernard Molkenboer heeft zijn levenswerk niet kunnen afmaken. Slechts het eerste van de zes boekdelen die hij in gedachte had, mocht hij voltooien. Het beschrijft uitvoerig de ontwikkeling van de jonge Vondel tot 1620. Dit eerste deel verscheen in 1950 postuum te Amsterdam onder de titel De jonge Vondel.