Frederik Johan van Baer stamde uit een katholiek adellijk geslacht dat al eeuwen op de havezate de Slangenburg bij Doetinchem zetelde en een militaire traditie kende. Al vroeg in zijn jeugd moet hij zich bewust zijn geweest van de tegenwoordigheid van de dood. Hij was nauwelijks acht jaar oud, toen zijn vader overleed. Het lot van een jonger broertje en twee zussen is onbekend, aan te nemen valt echter dat zij allen al op jonge leeftijd zijn gestorven. Wel in leven bleven twee andere zusters, van wie de oudste, Agnes Theresia, in 1667 de Veluwse edelman Johan van Steenbergen tot Nijenbeek huwde. De andere zus, Judith Frederica, zou in een Keuls karmelietessenklooster intreden.

Over Van Baers jeugdjaren en educatie is hoegenaamd niets bekend. In 1657 werd hij als minderjarige (onder hulderschap van zijn moeder) beleend met de Slangenburg. Voor een academische vorming bestaan geen aanwijzingen, zijn opvoeding zal vooral een praktische inslag hebben gehad. Op grond van zijn katholicisme was Van Baer uitgesloten van toelating tot de ridderschap van het Kwartier van Zutphen en van de uitoefening van politieke ambten. Traditie en religie maakten dan ook dat hij min of meer voorbestemd was voor het krijgsbedrijf. Op welke leeftijd hij in legerdienst is getreden, is niet bekend. De oudst bekende vermelding van Van Baer als Staats officier dateert uit 1668, toen hij al kapitein der infanterie was.

Van Baer was op dat moment al weduwnaar van Dorothea Petronella van Steenbergen, met wie hij in 1665 op twintigjarige leeftijd was getrouwd. Het huwelijk had nauwelijks een jaar geduurd: de bruid was al spoedig ziek geworden en overleden zonder nageslacht te baren. De afwikkeling van haar nalatenschap leidde tot een ruzie tussen Van Baer en zijn schoonmoeder die zich verscheidene jaren voortsleepte. Van Baer zou nooit hertrouwen. Wel verwekte hij een bastaardzoon bij een bloedverwante, het uit Emmerik afkomstige klopje Johanna Maria de Jeger, van wie als ‘geestelijke maagd’ werd verwacht dat zij een kuis leven zou leiden. Het kind werd op 3 september 1678 geboren en droeg de voornamen van zijn vader. De onwettige geboorte leidde tot een schandaal, toen de moeder Van Baer voor het Hof van Gelderland in een reeks processen beschuldigde van ondermeer eerroof, verkrachting en het niet voldoen van een uitkering, en beiden bovendien door de momber van het Hof werden aangeklaagd wegens een poging tot abortus.

Was het privéleven van de heer van de Slangenburg niet erg gelukkig te noemen, zijn publieke carrière kende een lange periode van voorspoed. Van Baers martiale talenten, de lange reeks oorlogen waarin de Republiek vanaf de jaren 1670 verwikkeld raakte en de gunst van stadhouder Willem III die hij zich – zonder het overigens tot een van diens ‘favorieten’ te brengen – wist te verwerven, zouden hem in rang ver doen uitstijgen boven zijn vader. Vanaf het Rampjaar 1672 volgden de promoties elkaar snel op. Op 27 oktober 1672 werd hij bevorderd tot majoor in het Regiment no. 1 Van Stirum, dat onder bevel stond van Otto graaf van Limburg en Bronckhorst (naar het schijnt een vriend van zijn vader), en een klein jaar later was hij al bevorderd tot luitenant-kolonel. Op 16 juni 1675 werd hij op grond van betoonde moed tijdens de slag bij Senef met terugwerkende kracht aangesteld als kolonel bij het Regiment no. 17 Erskine. Een half jaar later kreeg hij het opperbevel over dit regiment, dat voortaan zijn naam zou dragen. Tijdens verschillende veldslagen ging hij zijn troepen persoonlijk voor in de strijd. Op 11 augustus 1676 raakte hij tijdens het beleg van Maastricht ernstig gewond aan een dijbeen en moest hij van het slagveld worden weggedragen. Moedig en kundig optreden bij Trois Trous onder Luxemburg bracht een jaar later de bevordering tot brigadier. Op 16 februari 1683 volgde een benoeming als generaal-majoor.

De Slangenburg had tegen die tijd een gedaantewisseling ondergaan en Van Baers rijzende ster nog meer allure gegeven. In de jaren ’70 al liet hij een oostvleugel aan het huis toevoegen, waardoor een U-vormig gebouw ontstond. De ingang verplaatste hij van de zuidzijde naar de noordzijde. De vertrekken liet hij op imposante wijze decoreren door de uit Zaltbommel afkomstige schilder Gerard Hoet, die rond 1682 een reeks wand- en plafondschilderingen en deur- en schoorsteenstukken met mythologische voorstellingen aanbracht, in de Grote Eetzaal bijvoorbeeld de liefdesgeschiedenis van Aeneas en Dido. Ook de entree tot de Slangenburg werd in opdracht van Van Baer ingrijpend gewijzigd door de aanleg van een trapeziumvormig lanenstelsel, waarvan de anderhalf kilometer lange oprijlaan de middenas vormde.

Tijdens de Glorieuze Revolutie in 1688 bevond Van Baer zich niet in het gevolg van Willem III. Op 7 januari 1690 arriveerde hij evenwel in Engeland om persoonlijk bij de prins zijn beklag te doen over zijn slechte verstandhouding met George Frederik vorst van WaldeckPyrmont, onder wiens bevel hij stond. Tegelijkertijd solliciteerde hij naar het luitenant-generaalschap. Toen het duidelijk werd dat Willem III hem hierin niet zijn zin zou geven, dreigde hij met ontslag en liet hij woedend weten dat zowel keizer Leopold als de keurvorst van Beieren naar zijn gunst dongen. Van Baer nam in 1690 uiteindelijk daadwerkelijk ontslag uit het Staatse leger, maar twee jaar later werd hij op voorspraak van Willem III met terugwerkende kracht alsnog tot luitenant-generaal der infanterie benoemd.

Van Baer genoot toen al de reputatie van een moedig en kundig legeraanvoerder, maar had tevens de naam een moeilijke, driftige man te zijn met een scherpe tong en een onbuigzame geest, nauwelijks in staat zich te onderwerpen aan de bevelen van anderen – eigenschappen die overigens niet uitsluitend als persoonlijke karaktertrekken moeten worden gezien maar ook pasten in de mentale wereld van de 17deeeuwse Gelderse landadel. De niet bij name bekende memoiresschrijver ‘Monsieur de B.’ zou Van Baer later karakteriseren als “un des hommes les plus braves, le plus détérminé et de plus d’esprit qu’il y eut dans le service. Humain et caressant envers ses inférieurs, inquiet avec ses égaux et insupportable à ses supérieurs, capable de commander sans pouvoir obéir, il n’avoit des égards que pour le Prince [...]”. Het was in het bijzonder Van Baers drift die hem verschillende keren in moeilijkheden zou brengen. In 1675 bijvoorbeeld was er sprake van een “mauvaise affaire” waarbij hij een man ernstig verwondde, twee jaar later sloeg hij bij de Slangenburg een dienaar van een edelman neer omdat deze tijdens een jachtpartij inbreuk op zijn jachtrechten had gemaakt. Ook tijdens de vele processen die hij met zijn voormalige concubine Johanna Maria de Jeger voor het Gelderse Hof voerde, toonde hij meermaals zijn drift wanneer hij meende in zijn eer aangetast te zijn.

Tijdens de Spaanse Successieoorlog (1702-1713) bereikte de officiersloopbaan van Van Baer een hoogtepunt. Met Jacob van Wassenaer-Obdam (als hoogste bevelhebber), Menno van Coehoorn, Claude Frédéric T’Serclaes, graaf van Tilly, en François Nicolaas Fagel behoorde hij tot de bevelhebbers van de Staatse troepen die in de Zuidelijke Nederlanden onder het geallieerde oppercommando van de hertog van Marlborough tegen het Frans-Spaanse leger kwamen te strijden. De verstandhouding tussen de Staatse hoofdofficieren was bijzonder slecht door onderlinge rivaliteiten en antipathieën. Tegelijkertijd stonden de behoedzame Nederlandse hoofdofficieren wantrouwig tegenover hun Engelse opperbevelhebber. Zij verweten Marlborough met grotendeels door de Staten gefinancierde troepen een risicovolle offensieve strategie te volgen die in het geval van een Franse doorbraak een groot gevaar vormde voor de verdediging van de landprovincies van de Republiek. Van Baer was al in 1702 betrokken bij geheim overleg in Den Haag van ‘malcontenten’ uit verschillende gewesten die Marlboroughs bedoelingen en taktiek niet vertrouwden.

Een moment van glorie was weggelegd voor Van Baer, toen hij op 30 juni 1703 bij het Vlaamse dorp Ekeren de omsingeling en vernietiging wist te voorkomen van de troepen van Obdam, die zich tegen het advies van zijn generaals in een gevaarlijke positie had gemanoeuvreerd. Obdam zelf was tijdens de strijd in paniek geraakt en met een kleine troep soldaten halsoverkop naar Breda gevlucht. De bloedige gevechten kostten meer dan zevenhonderd Staatse soldaten (en nog aanzienlijk meer Fransen en Spanjaarden) het leven en eindigden onbeslist. Een belangrijke uitkomst van de slag was echter dat de reputatie van Van Baer gegroeid was ten koste van die van Obdam. De ‘held van Ekeren’ kon verscheidene buitgemaakte standaarden, vaandels en keteltrommen naar Den Haag sturen, waar zij als triomftekenen in de grote zaal van het Binnenhof werden opgehangen.

Van Baer was na zijn optreden bij Ekeren nog minder dan voorheen genegen zijn mond te houden. Hij onthield niet alleen een verzoek om rehabilitatie voor Obdam van zijn steun, ook raakte hij openlijk in conflict met andere Staatse bevelhebbers en Marlborough. Bij de verdeling van commando’s tijdens de verdere operaties in Vlaanderen in 1703 en de voorstellen tot bevorderingen na de afloop van de veldtocht voelde hij zich gepasseerd door officieren wiens meerdere hij zich voelde. Zélf koesterde hij ondertussen de ambitie naar het ambt van veldmaarschalk. Hoewel zijn argumenten niet altijd onredelijk waren en zijn inzichten vaak juist, riepen zijn eerzucht, zijn gevoelens van verongelijktheid, zijn geringe plooibaarheid en de passie waarmee hij zijn meningen naar voren bracht, steeds meer ergernis op, in het bijzonder bij de Engelse bondgenoot. Op 11 april 1704 werd Van Baer nog bevorderd tot generaal der infanterie en bevelhebber van het geallieerde leger aan de Moezel, maar in de zomer van 1705 was zijn positie onhoudbaar geworden, nadat Marlborough hem verantwoordelijk had gesteld voor het mislukken van een manoeuvre bij het riviertje de IJssche. De Gelderse generaal genoot weliswaar steun in de landgewesten, maar moest het veld ruimen toen duidelijk werd dat Holland, en dan met name Amsterdam, het onder geen beding tot een breuk wenste aan te laten komen met Marlborough, die al had gedreigd het leger voortijdig te verlaten. Pogingen van medestanders om hem als compensatie het gouverneurschap van Maastricht of van Opper-Gelre aan te bieden, liepen op niets uit en na een grove lastercampagne trok Van Baer zich als een verbitterd man terug op de Slangenburg. Korte tijd na zijn demissie zou zijn reputatie verder afbrokkelen, toen hij in een woedeuitbarsting een van zijn dienaren halfdood sloeg.

Er is wel beweerd dat het katholicisme van Van Baer heeft bijgedragen aan zijn ondergang. Deze stelling is vooralsnog niet echt bewezen, aan te nemen valt in ieder geval wel dat zijn katholieke gezindheid niet vóór hem heeft gewerkt op het moment dat zijn positie begon te wankelen. In het verleden had Van Baers religie geen beletsel gevormd voor een spectaculaire carrière, maar had hij toch ook wantrouwen ontmoet, ook bij de stadhouder, die de voorkeur aan protestanten gaf als het ging om de verdeling van hoge commando’s. Nu, tijdens het conflict met Marlborough, gebruikten Engelsen religie als wapen tegen de ‘jesuited papist’. Over Van Baers persoonlijke geloofsbeleving is overigens niets bekend. Wel weten we dat al in zijn tijd op de zolderverdieping van de Slangenburg een schuilkapel aanwezig was.

Frederik Johan Baer overleed op 15 december 1713 en werd in de Lambertikerk te Zelhem begraven. De Slangenburg vererfde op zijn neef Johan Derck van Steenbergen tot Nijenbeek, een zoon van zijn zuster Agnes Theresia. Toen Van Baer het kasteel van zijn voorouders in voor Gelderse begrippen grandiose stijl had laten verbouwen en decoreren, moet hij al hebben vermoed dat hij zonder wettig nageslacht zou sterven. In de Slangenburg echter heeft hij een monument voor zijn eigen nagedachtenis opgericht.