Van der Woudes ouders dreven samen met andere familieleden een grote firma in verwarmingstechniek in het Groningse Haren. De jonge Johan leek voorbestemd voor een carrière in het in 1880 opgerichte familiebedrijf. Dat moet ten slotte toch niet zijn roeping zijn geweest, want Johan, onzeker over zijn toekomst, ontwikkelde zich in een andere richting. Zo werd hij als beginnend schrijver al in 1922 gecoacht door de Groninger dichter en criticus Herman Poort, voor wie hij na diens dood in 1933 een in-memoriambundel zou samenstellen. Ook kreeg hij pianolessen van Kor Kuiler, dirigent van de Groninger Orkest Vereniging. In die tijd introduceerden de twee zusjes Julie en Françoise Dronkers hem in een bibliofiele kring, waar onder meer de dichter Hendrik de Vries regelmatig kwam. Ze namen Johan ook mee naar het gezin Dronkers, waar muziek en dans een grote plaats innamen. Hij verloofde zich in 1925 met Françoise, maar trad in 1929 te Bristol in het huwelijk met Elise Maria Smulders. Het echtpaar kreeg twee zoons, Derk Michael en Berend Boudewijn. In 1943 zou Van der Woude alsnog trouwen met zijn jeugdliefde Françoise Dronkers; zij kregen op 16 januari 1944 te Arnhem, een zoon, Johannes Frederik.

Van der Woude begon zijn loopbaan toch in het familiebedrijf, nadat hij na de HBS een technische opleiding in het Duitse Aue had gevolgd, en enige baantjes in Kaapstad, Londen en Haarlem had gehad. Zijn ouders, de lessen en het verblijf in het buitenland konden het onbestemde gevoel niet bij hem wegnemen. Hij bleef onwennig tegen het werk in het bedrijf aankijken. Zijn eenzaamheid en de moeizame verhouding met zijn ouders kon hij pas jaren later verwoorden in zijn prachtige roman Een groene lantaarn (1957), die hij onder het pseudoniem J.C. Falke publiceerde, maar in herdruk in 1978 onder zijn eigen naam liet verschijnen. In de hoofdpersoon, Jochem, ventileerde Van der Woude zijn eenzaamheid en onbegrepenheid. In 1932 had hij voldoende zelfvertrouwen om het familiebedrijf te verlaten en zijn literaire vleugels uit te slaan. Inmiddels waren al vier novellen van hem verschenen, waarvan de eerste in 1930 was uitgekomen. In de loop van zijn schrijversleven zou Van der Woude zich naast J.C. Falke ook van de pseudoniemen Martijn Cort en Jan Kempe bedienen.

In 1932-1933 overwinterde hij op Vlieland, waar hij zijn eerste roman, Straat Magellanes, schreef, die in 1933 verscheen. De tekst daarvan had hij met Poort vlak voor diens dood minutieus doorgenomen en besproken. Het was het begin van een enorme literaire productie met verhalen, toneel- en hoorspelen, studies, radiopraatjes, interviews, vertalingen en recensies.

In 1933 kwam Van der Woude bij de De Vrije Bladen in dienst, waar hij een jaar later ook redacteur zou worden met onder anderen Victor E. van Vriesland. In die periode leerde hij ook Simon Vestdijk kennen, van wie twee keer werk in De Vrije Bladen werd opgenomen, voordat de voltallige redactie na een conflict met de uitgever in 1938 aftrad.

Toen Van der Woude in 1939 redacteur werd bij L.J. Veen’s Uitgeversmaatschapij in Amsterdam redigeerde hij de befaamde Prominenten-reeks. In hetzelfde jaar verscheen Drie novellen, het boekenweekgeschenk, waarin zijn verhaal Afgesloten balans als één van de novellen was opgenomen. Eveneens in 1939 werd hij gemobiliseerd in Bergen aan Zee, en ging in het nabijgelegen Bergen wonen. De toestand was aanvankelijk nog wel zo rustig dat hij regelmatig letterkundigen thuis kon uitnodigen, maar na het uitbreken van de oorlog weigerde hij zich aan te melden bij de Kultuurkamer. Hij sloot zich aan bij het kunstenaarsverzet, dat de basis zou vormen voor de naoorlogse Federatie van Kunstenaarsverenigingen. Noodgedwongen zwierf hij rond, totdat hij ten slotte in Arnhem kon onderduiken. Bij de Slag om Arnhem, in september 1944, week hij uit naar Haren. Bij terugkomst noteerde hij in Arnhem, betwiste stad uit 1945: “Een lege stad. Voor een groot deel verbrand en stukgeschoten, in één winter verwilderd. Een woestenij van ruïnes, een mesthoop van roof, een versteende massa rampspoed.” Uit de opbrengsten van dit boek stichtte Van der Woude een fonds voor de jaarlijks te kiezen beste leerling van de Kunstacademie – de prijs die naar de wederopbouwer van Arnhem, burgemeester Chris Matser, was vernoemd.

Van der Woude kon volgens eigen zeggen van de pen leven, maar dat was niet altijd gemakkelijk. In de oorlog hield hij “zwarte lezingen, want ik was natuurlijk geen lid van de Cultuurkamer, in 1943 ben ik ondergedoken in Arnhem, anders had in naar Sint-Michielsgestel gemoeten; daar ben ik getrouwd en zo komt het dat ik nu in Velp woon”, zei hij in een vraaggesprek in 1968. Hij gaf in die tijd ook enkele bloemlezingen uit, onder meer met werk van Louis Couperus. Om zijn gezin te kunnen onderhouden, moest hij zijn journalistieke werk weer opnemen. Zo was hij redacteur bij de kunstredacties van Het Vrije Volk, Vrij Nederland, De Gelderlander en het Nieuwsblad van het Noorden. Daarnaast werd hij in 1953 docent dramaturgie aan de toneelacademie te Maastricht.

Jarenlang was Van der Woude de bezielende voorman van het artistieke leven in en rond Arnhem. In zijn huis in Arnhem en ook later in Velp organiseerde hij regelmatig schrijversbijeenkomsten, waar zo verschillende schrijvers en andere kunstenaars als C.J. Kelk, Simon Koster en Jan H. de Groot aanschoven. Maria Dermoût (die als Helena A.M.E. Ingerman in Indonesië werd geboren en leefde tussen 1888 en 1962) kwam er niet, maar Van der Woude komt wel de eer toe haar schrijftalent te hebben ontdekt. Nadat zij hem in 1949 onverwacht een bezoek had gebracht en een doos manuscripten had achtergelaten, was hij diep onder de indruk geraakt van haar werk. Mede dankzij hem debuteerde Dermoût in 1951 op 62-jarige leeftijd; hij wijdde een indringende monografie aan haar.

Van der Woude was mede-initiatiefnemer bij de oprichting van de toneelgroep Theater in 1953 en van De Stichting De Gelderse Bloem in 1954, beide in Arnhem. Hij was mederedacteur van de bundel De Gelderse bloem (1954), die een overzicht gaf van de letterkunde in Gelderland sinds 1920. Hij was jarenlang lid van de Arnhemse Schouwburgcommissie en tussen 1955 en 1966 ook van de Culturele Raad Gelderland. Naast zijn bemoeienissen met diverse uitgeverijen, zoals L.J. Veen’s Uitgeversmaatschappij en Uitgeverij Het Kompas, was hij ook actief in Arnhemse kringen als de Stichting Sonsbeek en de Werkgemeenschap Arnhemse Kunstenaars. Met de dichter-filosoof Bernard Verhoeven tilde hij het eerste, regionale toneelgezelschap van de grond, dat als ‘Theater’ een reputatie in en buiten Arnhem opbouwde. Hij zat in het bestuur van Het Nederlands Theater Centrum, een landelijke commissie voor het toneel, en ontplooide tal van activiteiten als lid van de P.E.N. en de Vereniging van Letterkundigen. Tot zijn beste studies behoren de monografie over de betekenis van Eduard Verkade voor de vernieuwing van het toneel en die over leven en werk van de belangrijke Arnhemse schilder Johan Mekkink.

Die enorme werklust had ook zijn keerzijde. Ondanks zijn vele culturele verdiensten heeft deze workaholic in literaire kringen niet de waardering gekregen waar hij op hoopte. Critici signaleerden sporen van haastwerk, versplintering en gebrek aan eenheid in zijn romans. Zulke kritiek moet hem hebben getroffen. Feit is dat Van der Woude noodgedwongen in zijn vakanties schreef of er onbetaald verlof voor nam. Anderen verbaasden zich erover dat zijn kritieken soms de essentialia van het besproken werk misten. Onzekerheid over zijn talent heeft hem nooit verlaten, zijn openhartigheid en radicaliteit zaten hem vaak in de weg en hij voelde zich verkeerd begrepen. Dat kostte hem vrienden. Wat men in hem prees, waren zijn organisatietalent, inventiviteit en werklust, niet op de éérste plaats zijn schrijftalent. Alweer: dat moet hem hebben geraakt.

Van der Woude won verschillende prijzen: in 1958 de Culturele prijs van de Provincie Groningen en in 1965 de Culturele prijs van de gemeente Arnhem, beide voor zijn gehele oeuvre, terwijl hij in 1968 met zijn Toreneindspel de Hoorspelwedstrijd won. Tussen 1950 en 1970 zat Van der Woude in verschillende jury’s, onder meer voor prijzen ingesteld door de gemeente Arnhem en de provincie Gelderland.

Van der Woude overleed op 7 februari 1979 in het ziekenhuis te Velp. Hij ligt begraven op de begraafplaats Heiderust te Rheden.