Frederik Johan verloor zijn vader in 1703. Deze sneuvelde in 1703 tijdens de Spaanse Successieoorlog in de slag bij Ekeren (in de buurt van Antwerpen). Deze gebeurtenis werd op het kasteel Cannenburch vereeuwigd in een schilderij van Johan Henrik dat in de ontvangsthal van het kasteel werd aangebracht. Frederiks oudere broer, Elbert, overleed in 1712.

Frederik Johan trouwde in 1726 met Anna Margaretha van Renesse (1703-1775). Zij was afkomstig uit het prinsbisdom Luik en de erfdochter van Maximilian Henri rijksgraaf van Renesse (1655- 1716) en Margaretha Elisabeth Sophia van Stepraedt (overleden in 1726). Uit het huwelijk van Frederik Johan en Anna Margaretha kwam een zestal kinderen voort. Niet de oudste zoon uit hun huwelijk, Johan Hendrik (17271800) maar de tweede zoon, Reinder Carel (17281802) werd in 1776 na het overlijden van zijn moeder, beleend met de Cannenburch.

De bezittingen van de familie Van Isendoorn à Blois omvatten in de 18de eeuw een twintigtal boerderijen in de gemeente Epe en tevens een groot aantal watermolens in het dorp Vaassen in de omgeving van het huis Cannenburch, terwijl Anna Margaretha van haar vader vele heerlijkheden in de Zuidelijke Nederlanden erfde. Eén van de opmerkelijkste aspecten van het beheer van de bezittingen bij het kasteel Cannenburch was de grote bemoeienis van de familie Van Isendoorn à Blois met de lokale nijverheid. Rond het kasteel lagen vanaf het einde van de 17de eeuw een kleine twintig watermolens. De meeste daarvan waren papiermolens waar handgeschept papier werd vervaardigd. Verder waren er nog enige kopermolens, waar onder meer duitenplaten voor de Verenige Oostindische Compagnie werden gemaakt, en twee korenmolens. Frederik Johan en Anna Margaretha waren eigenaars van deze molens en als zodanig verantwoordelijk voor het in goede staat houden van de bedrijven en waterwerken. De beken waaraan de watermolens lagen voorzagen de vijvers rond het kasteel van schoon helder water.

Frederik Johan maakte net als zijn vader carrière in het leger van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. Zijn katholieke afkomst vormde daarvoor geen beletsel. Hij doorliep een groot deel van zijn carrière in het regiment van zijn oom, Reinder van Reede Ginckel (1678-1747). De twee oudste zoons van Frederik Johan waren eveneens cavalerieofficieren. In 1732 vinden wij Frederik Johan als sergeant-majoor en in 1740 als luitenant-kolonel en feitelijke bevelhebber in het regiment Van Reede. In 1742 verkreeg hij bovendien de staffunctie van generaal-majoor. Toen Reinder van Reede in 1747 stierf werd Frederik Johan automatisch bevorderd tot kolonel. Het commando over dit regiment verkreeg hij in tegenwoordigheid van zijn vrouw in datzelfde jaar 1747 uit handen van stadhouder Willem IV. In hetzelfde jaar verwierf hij de staffunctie van luitenant-generaal, een functie die, meer dan het geërfde regimentscommando, een erkenning inhield van zijn militaire kwaliteiten. Deze bevordering hield verband met het optreden van Frederik Johan in de Oostenrijkse Successieoorlog (1742-1748), over welke periode hij een dagboek heeft nagelaten. Het grootste gedeelte van zijn militaire carrière doorliep Frederik Johan in vredestijd en was hij meestal met zijn regiment in Utrecht en ook wel in Nijmegen gelegerd. Op hoge leeftijd werd Frederik Johan van Isendoorn à Blois tenslotte nog gepromoveerd tot generaal der Staatse cavalerie.

Naast deze militaire had Frederik Johan ook enige bestuurlijke functies. Toegang tot de Veluwse ridderschap had hij als katholiek niet, maar wel was hij ambtsjonker van het schoutambt Epe, dat de dorpen Epe, Oene en Vaassen omvatte. In die functie hield Frederik Johan het toezicht op het beheer van de kerkgoederen in het schoutambt, was verantwoordelijk voor de inning en afdracht van enkele belangrijke belastingen, met name die op onroerend goed, en zat ook in het Veluwse landgericht. Tevens was Frederik Johan dijkgraaf van de oostelijke Veluwe. Dit waterschap omvatte de gehele oostelijke Veluwe binnen de driehoek Beekbergen, Voorst en Hattem. Ten slotte werd Frederik Johan in 1751 jachtraad van de Veluwe.

In de beginjaren van hun huwelijk zaten Frederik Johan en Anna Margaretha opgescheept met de schulden die Margaretha van Isendoorn-van Reede en haar dochter Odilia van Isendoorn hadden opgebouwd. Die schulden waren de oorzaak dat een groot deel van de inboedel van de Cannenburch in het eerste kwart van de 18de eeuw verkocht moest worden, zodat Frederik Johan en zijn vrouw bij het begin van hun huwelijk een vrijwel leeg huis aantroffen. De schulden, die rond 1726 een omvang hadden van maar liefst 100.000 gulden, konden in de loop van de volgende decennia worden afgelost en omstreeks het midden van de eeuw verkeerden Frederik Johan en zijn vrouw in goeden doen. De omvang van hun vermogen kan dan worden geschat op bijna een miljoen gulden, waarvan meer dan de helft bestond uit de bezittingen in de Zuidelijke Nederlanden. Deze periode was de glorietijd van het geslacht Van Isendoorn à Blois. Onder Frederik Johan en Anna Margaretha van Renesse werd het kasteel Cannenburch uitgebreid met twee grote koetshuizen op het voorplein. Ook werd de toegangsbrug tot het kasteel verplaatst en deze ligt nu niet meer tegen, maar links van de voortoren. Het park bij het kasteel, dat onder zijn moeder in verval was geraakt, werd hersteld, maar een grote belangstelling voor parkaanleg schijnt het echtpaar Van Isendoorn-Van Renesse niet gehad te hebben. Wel kreeg het kasteel een nieuwe, zeer rijke, inboedel en een grote verzameling familieportretten, deels afkomstig van de bezittingen in de Zuidelijke Nederlanden, en werden er verbouwingen binnen het kasteel verricht.

De levensstandaard van het gezin Van Isendoorn was hoog, alhoewel niet exorbitant. Zij waren in de 18de eeuw rijk genoeg om een reis naar Parijs, bekend als ‘de bodemloze put aan de Seine’, te ondernemen, en de twee oudste zoons maakten, zoals gebruikelijk was voor kinderen uit de Nederlandse elite, in 1750 een grand tour naar Italië. Hun jongste broer volgde in 1767. Op het kasteel werkte ongeveer twintig personeelsleden, hetgeen voor Veluwse begrippen uitzonderlijk veel was.

Van het privéleven van Frederik Johan is slechts een aantal details bekend. Uit de boekhouding van Anna Margaretha van Renesse valt op te maken dat het gezin Van Isendoorn sterk geworteld was in Vaassen, waar onder andere sedert 1706 een schuilkerk voor de Vaassense katholieken bestond die in bezit was van het geslacht Van Isendoorn. Slechts een enkele maal werd een bezoek aan Den Haag of Amsterdam gebracht. Opvallend is dat op de Cannenburch veel verschillende kranten werden gelezen uit Holland, de Zuidelijke Nederlanden en ook uit Keulen. Frederik Johan stond, vooral vanwege zijn militaire loopbaan, in contact met vele andere adellijke geslachten en had ook contacten met de stadhouders op Het Loo, waar de familie Van Isendoorn weleens op theevisite ging.

Het gezin bracht de zomermaanden meestal door op het kasteel Dessener, bij Wintershoven in de Belgische provincie Limburg. Bij deze jaarlijkse reis naar het zuiden gebruikten zij gewoonlijk twee koetsen en een wagen voor de bagage. Op deze reizen gingen ook jachthonden mee. Ook uit andere bronnen valt op te maken dat de heer van Cannenburch een jachtliefhebber was en graag jaagde op wilde zwijnen. Verder weten we dat er op de Cannenburch gemusiceerd werd: er stond een klavecimbel op het kasteel, en uit het journaal van Justinus de Beyer kan worden opgemaakt dat Frederik Johan een niet onverdienstelijk vioolspeler was. Frederik Johan en zijn vrouw zijn in Vaassen begraven.