In de Burchtstraat in Nijmegen, waar zijn grootvader en naamgenoot in de omgeving van het stadhuis in het bezit van een statig herenhuis was gekomen, groeide Justinus de Beijer op; in de zomermaanden weken hij en zijn familie uit naar het inmiddels niet meer bestaande landgoed Hulsen, dat bestond uit bossen, velden en het door een gracht omgeven kasteel. Hij genoot zijn opvoeding in een garnizoensstad met ongeveer twaalfduizend inwoners die hem op cultureel en intellectueel gebied niet veel te bieden had. Wel staat vast dat zijn moeder zich veel moeite heeft getroost om hem een goede educatie, passend bij zijn stand, mee te geven. Zoals zoveel andere regentenzoons ging Justinus de Beijer rechten studeren. Rond 1721 vestigde hij zich daartoe in Utrecht, waar hij een aangename studententijd tegemoet ging. Daar viel heel wat meer te beleven dan in zijn ingeslapen geboortestad en hij deed er vele nuttige kennissen op. In 1724 promoveerde de jonge Nijmegenaar met zijn dissertatie De tribus juris praeceptis tot meester in de rechten.

Een jaar later begon hij aan zijn grand tour ter afronding van zijn opleiding. Dit werd een reis van bijna drie jaar die ging langs kerken, paleizen en bibliotheken. Ook het persoonlijke element werd niet vergeten: dankzij goede contacten en gewapend met de juiste introductiebrieven kwam de Nijmeegse reiziger tot in de hoogste kringen en ontmoette hij diverse geleerden. Tijdens zijn grand tour ging er vrijwel geen week voorbij of hij stuurde zijn moeder een bericht. Aan de hand van deze bewaard gebleven brieven is vrij nauwkeurig de route te reconstrueren welke De Beijer door het Duitse Rijk, Italië en Frankrijk nam en wat hij zag in steden als Wenen, Rome, Napels, Florence en Parijs.

Bij terugkeer in Gelderland in 1728 ontbrak voor Justinus de Beijer de financiële noodzaak een ambt te bekleden. Het werd wel langzaamaan tijd uit te kijken naar een geschikte huwelijkskandidate. Een dochter van een regent uit Utrecht werd uiteindelijk als een goede partij beschouwd en in 1734 trouwde hij met Maria Elisabeth de Casembroot. De eerste acht jaar van zijn huwelijk ging De Beijer verder ambtloos door het leven. Hij verdeelde zijn tijd over zijn familie en schoonfamilie, zijn vrienden en over zijn grootste passies: boeken, natuurwetenschappen, filosofie, viool spelen en het onderhouden van contacten met geletterden. Eveneens in 1734 begon hij met het leveren van artikelen voor het in Amsterdam door Henry du Sauzet uitgegeven literaire tijdschrift Bibliothèque françoise. In samenwerking met dezelfde uitgever begon hij bovendien in 1739 met het verzamelen van brieven, geschreven door en gericht aan zijn geleerde oudoom Gisbert Cuper (1644-1716). Dit resulteerde in 1742 in de uitgave van de Lettres de Critique, d’Histoire et de Litterature, ecrites à divers Savans de l’Europe, par feu Mr. Cuper.

Eerst na aandringen van familieleden en kennissen probeerde Justinus de Beijer een plaats in de Nijmeegse magistraat te bemachtigen. Op 2 januari 1743 slaagde hij in zijn opzet: als schepen van Nijmegen legde hij toen de eed af. Hiermee was hij een van de twaalf stadsbestuurders geworden en was hij dan eindelijk in de politieke voetsporen van zijn vader en grootvader getreden. De toen bijna achtendertigjarige ging deel uitmaken van een stadsregering die in twee facties of correspondenties was verdeeld; deze betwistten elkaar de lucratieve baantjes. Weliswaar was in 1722 de prins van Oranje door de provincie Gelderland tot stadhouder benoemd, doch de regenten hadden zijn macht bewust zeer beperkt gehouden. Zo kreeg de stadhouder niet het recht om naar goeddunken regenten te benoemen of te ontslaan. Volgens de gemaakte afspraken werd Justinus de Beijer in januari 1746 gekozen tot een van de twee burgemeesters van Nijmegen. Dit nam niet weg dat de factie waartoe hij behoorde reeds buitenspel was gezet. Een in dezelfde maand naar voren gebracht voorstel van hem en vier andere regenten voor het benoemen van nieuwe raadsleden, werd door de overige stadsbestuurders weggestemd; in januari 1747, toen er wederom over het verdelen van ambten werd gesproken, viste de factie van De Beijer wederom volledig achter het net. Een situatie waar, zo leek het tenminste, niets meer aan te veranderen viel. In mei van dat jaar echter kwam er een beweging op gang waar De Beijer handig gebruik van heeft gemaakt. De inval van de Fransen en de daarop volgende volksbeweging maakte dat Willem IV in Den Haag zijn intrek kon nemen als stadhouder van alle zeven provincies. Begin juli heeft de De Beijer er gesproken met de stadhouder over de politieke verhoudingen in Nijmegen. Ze waren geen vreemden van elkaar: in de zomer van 1725 had De Beijer in het Duitse Kassel de prins voor het eerst ontmoet.

In Gelderland aarzelden de regenten lang de stadhouder het benoemingsrecht toe te kennen dat hij inmiddels wel in Holland had. Door dit dralen werd het in de provincie onrustig en na het nodige tumult en na acties vanuit de burgerij nam de Nijmeegse raad eindelijk op 11 december 1747 een voor de stadhouder gunstig besluit. Dit tot grote tevredenheid van De Beijer. Op 12 januari 1748 kreeg hij helemaal zijn zin toen de Gelderse Landdag het besluit nam het Regeringsreglement uit 1675, op basis waarvan Willem III de provincie tot 1702 bestuurde, ook voor Willem IV van toepassing te verklaren. Kort daarna reisde de Nijmegenaar naar Den Haag waar hij wederom door de prins werd ontvangen. Hij ontmoette toen ook voor het eerst een groot vertrouweling van de stadhouder, mr. Adriaan van der Mieden. Dit was van groot belang voor wat er later in dat jaar in Nijmegen zou gebeuren: samen immers hebben ze plannen uitgewerkt voor een ingrijpende verandering van het stadsbestuur. De stadhouder nam daartoe na enkele maanden een definitief besluit en in augustus 1748 wisten de Nijmeegse regenten waar zij aan toe waren. Geheel volgens het plan van De Beijer werden acht van de twaalf leden van de magistraat die niet tot zijn factie behoorden, ontslagen. In de raad kwamen toen degenen die in 1746-1747 geen enkele kans hadden gemaakt. Conform zijn wens bleef De Beijer voorlopig alleen nog maar schepen. Doch op 2 januari 1750 haalde hij voor de eerste keer het politiek gezien zwaarste ambt van Nijmegen binnen, dat van regerend burgemeester. Tot aan zijn dood bleef hij deel uitmaken van de magistraat. Vele ambten heeft hij bekleed, onder andere gecommitteerde namens de provincie Gelderland bij de Staten-Generaal voor een periode van twee jaar; zijn eigen zoon Leonard wist hij in 1765 aan de post van raadsecretaris te helpen.

Op 29 januari 1772 woonde Justinus de Beijer voor het laatst een magistraatsvergadering bij; enige dagen later, op 6 februari, overleed hij. Na zijn dood maakten zijn vier nog in leven zijnde kinderen afspraken over de verdeling van zijn nalatenschap. Zoon Leonard kreeg het grote huis in de Burchtstraat en werd de nieuwe eigenaar van het landgoed Hulsen. Aan hem werd ook het beheer toevertrouwd van de aanzienlijke bibliotheek en de verzameling natuurwetenschappelijke instrumenten die zijn vader had achtergelaten. In 1800 werd dit alles in Nijmegen geveild. Daarmee kwam in vele handen terecht wat Justinus de Beijer tijdens zijn leven misschien nog wel veel meer heeft gekoesterd dan zijn politieke loopbaan: zijn duizenden boeken.