Zoals veel militairen in die tijd heeft Janssens nauwelijks een jeugd gekend: hij werd met negen jaar al cadet en voor zijn twaalfde kwam hij al in werkelijke dienst. Aan het eind van 1787 – toen de patriotten waren bedwongen – werd Jan Willem officier. Hij stond toen dus aan de kant der prinsgezinden. Belangrijk werd voor hem het jaar 1793, toen hij op de BelgischFranse grens in de strijd tegen de revolutionaire Fransen zwaar gewond raakte.

De wond wilde niet goed genezen, en zo moest Janssens in 1796, 33 jaar oud, zijn pensionering aanvragen. Hij had toen klaarblijkelijk zijn eed van trouw aan de nieuwe Bataafse Republiek afgelegd. Gedurende een aantal jaren daarna was Janssens hoofd van de administratie voor de kosten der Franse troepen in ons land, die immers door de Bataafse Republiek moesten worden betaald. Jan Willem werd in deze functie geprezen, omdat hij veel wist te bezuinigen en zichzelf niet financieel bevoordeelde. De functie werd bij de vrede van Amiens (1802) opgeheven.

Deze vrede bracht tevens mee dat de Engelsen de door hen veroverde Kaapkolonie moesten teruggeven. Janssens werd er tot gouverneur-generaal benoemd met een salaris van 50.000 gulden per jaar en de rang van luitenant-generaal. Hij kon het ambt in de praktijk eerst in februari 1803 overnemen.

Janssens was zeer actief aan de Kaap en in het binnenland. Overigens was daar gelijktijdig met hem de vooraanstaande patriot mr. Jacob Abraham Uitenhage de Mist uit Zaltbommel als commissaris-generaal werkzaam. Vrijwel direct na het aantreden van de nieuwe gouverneur-generaal was de vrede van Amiens weer verbroken en het wachten was op een invasie van Engelse kant. Deze kwam eerst in januari 1806, waarbij Janssens met slechts 2000 man tegenover 4000 man invasietroepen stond. De gevechten werden zo lang mogelijk gerekt, maar de gouverneur werd – al teruggetrokken in de bergen – omsingeld en moest drie weken na de inval reeds capituleren.

In juni 1806 was Janssens weer in Den Haag, waar Lodewijk Napoleon net als koning was aangesteld. Er werd geroddeld dat Jan Willem zich bij hem aangenaam maakte door een geschenk van Kaapse wijnen. In ieder geval werd hij in het Koninkrijk Holland al snel secretaris-generaal van Oorlog en lid van de Staatsraad (Raad van State). Daarna was hij in de strijd in Duitsland intendant-generaal en (als opvolger van Daendels) gouverneur-generaal te Munster. Uiteindelijk werd Janssens in december 1807 als opvolger van Dirk van Hogendorp minister van Oorlog. Hij bleef dit tot mei 1809, toen hij om gezondheidsredenen opnieuw zijn pensioen moest aanvragen. In juli 1810 moest Janssens het bericht van Lodewijk Napoleons abdicatie aan keizer Napoleon overbrengen.

Napoleon was Janssens goedgezind en benoemde hem in november van dat jaar als opvolger van Daendels tot gouverneur-generaal van de ‘Franse bezittingen beoosten Île de France’ (Mauritius), dat wil zeggen Oost-Indië (met een salaris van 200.000 gulden per jaar). In mei 1811 kon Janssens het gezag van Daendels overnemen. Zij waren niet op elkaar gesteld. Veel kansen kreeg Janssens in Indië niet. De economische toestand was slecht, het leger klein en bestond voornamelijk uit inheemsen. Minder dan drie maanden na zijn in functie treden landden de Engelsen met 10.000 man. Weer streed Janssens langer door dan zinnig leek, maar hij moest zich toch na ruim zes weken overgeven.

Een jaar lang werd Janssens in Engeland gevangen gehouden. Eind 1812 kwam hij terug in Frankrijk en miste zo de tocht naar Rusland. De generaal werd commandant te Groningen en wist diplomatiek een opstand in het toen tot onze departementen behorende Ostfriesland zonder ‘bloedstorting’ (bloedvergieten) te bedwingen. Later was hij divisiecommandant bij Metz en zag kans nog op 20 maart 1814 – ons land was allang vrij – voor Napoleon vechtend bij Arcis-surAube gewond te raken.

Bij de val van Parijs drie weken later nam Janssens zijn ontslag. Maar al een maand later werd hij door de Soevereine Vorst als luitenant-generaal in het nieuwe Nederlandse leger opgenomen om de krijgsmacht te organiseren. Na 1815 bereidde Janssens de Militaire Willems Orde voor, waarvan hij kanselier werd. Op het laatst van zijn leven kreeg hij nog de eretitel generaal der infanterie.

Van ’t Veer ziet in zijn biografie van Daendels Janssens als een intrigant. Dirk van Hogendorp vond hem een slappeling en verweet hem zijn slechte Frans. Janssens was duidelijk geheel apolitiek, een organisator. Men verwachtte bij benoemingen van hem geen last te krijgen. Verder is zijn leven te karakteriseren als ten dele tragisch: iemand die, in slechte lichamelijke conditie verkerend, niets liever wilde dan aan het front strijden en dan koppig tot het eind doorvechten, maar genoegen moest nemen met organisatorisch bureauwerk, waarin hij klaarblijkelijk uitblonk. Maar zo heeft Janssens zich bij alle veranderingen van regime in de Bataafs-Franse tijd toch op vooraanstaande plaatsen kunnen handhaven.